Несмотря на то что НК РФ позволяет в случае ликвидации списывать остаточную стоимость объекта в налоговые расходы только при линейном методе начисления амортизации ( подп. 8 п. 1 ст. 265 НК РФ ), Минфин считает, что от этого правила можно отступать.
Так, в письмах от 03.08.12 № 03-03-06/1/378 и от 19.08.11 № 03-03-06/1/503 чиновники говорят о том, что сумма недоначисленной амортизации по ликвидированной части основного средства в случае применения нелинейного метода подлежит включению в состав внереализационных расходов ( подп. 20 п. 1 ст. 265 НК РФ ). Исключение сделано по той причине, что в случае частичной ликвидации объект не выводится из эксплуатации. И следовательно, подпункт 8 пункта 1 статьи 265 НК РФ не применяется в отношении учета недоначисленной амортизации по той части объекта, которая подлежит ликвидации.
При этом, зная первоначальную стоимость и сумму амортизации, приходящуюся на ликвидированную часть, компания может определить остаточную стоимость объекта после частичного демонтажа, которая и подлежит учету в суммарном балансе амортизационной группы. Сумму же недоначисленной амортизации можно единовременно списать в расходы.
Источник: письма Минфина России От 03.08.12 №03-03-06/1/378 , От 19.08.11 № 03-03-06/1/503