По мнению контролирующих ведомств, в случае если плательщик ЕНВД продает имущество, то с этой операции нужно уплатить НДС и налог на прибыль (см., например, письма Минфина России от 16.11.10 № 03-11–06/3/159 , от 12.07.10 № 03-11-06/3/102 , от 04.10.06 № 03-11-04/3/429 , УФНС по г. Москве от 04.06.08 № 18–11/053647@ ). Это объясняется тем, что такая реализация не является предпринимательской деятельностью, в отношении которой применяется ЕНВД. Но сделать это компании могут с выгодой для себя, по крайней мере, в отношении налога на прибыль…

Если продаваемое основное средство использовалось только в облагаемой ЕНВД деятельности, то амортизация по нему в налоговом учете не начислялась. То есть к моменту продажи остаточная стоимость объекта совпадает с его первоначальной стоимостью. Соответственно, выручку от реализации объекта удастся уменьшить на большую величину, а возможный убыток – списать единовременно ( п. 2 ст. 268 НК РФ ).

Налоговики часто берут остаточную стоимость основного средства по данным бухучета. По аналогии с НДС ( п. 3 ст. 154 НК РФ ). То есть уменьшая ее на сумму бухгалтерской амортизации. Суды не разделяют такой подход ( постановление Федерального арбитражного суда Западно-Сибирского округа от 01.03.12 № А81-2398/2011 ).

Источник: постановление Федерального арбитражного суда Западно-Сибирского округа от 01.03.12 № А81-2398/2011 , Пункт 2 статьи 268 НК РФ