По мнению Минфина России, при приобретении основных средств право на вычет НДС возникает у покупателя только после того, как основное средство будет учтено на счете 01 «Основные средства». Пока оно числится на иных счетах бухучета, оснований для вычета налога нет (письма от 29.01.13 № 03-07-14/06 , от 24.01.13 № 03-07-11/19 , от 28.08.12 № 03-07-11/330 , от 16.08.12 № 03-07-11/303 ). Но вычет НДС можно заявить лишь в течение трех лет после окончания налогового периода, в котором такое право возникло ( п. 2 ст. 173 НК РФ ).
В итоге излишнее уважение к официальной позиции может привести к потере вычета, к примеру, если основное средство в течение более трех лет с момента приобретения не принималось в эксплуатацию по причине ремонта, модернизации и т. п. В этом случае налоговики легко отрекутся от позиции Минфина и откажут компании в вычете НДС по причине пропуска трехлетнего срока. А суд их поддержит ( постановление Федерального арбитражного суда Центрального округа от 07.04.11 № А54-1904/2010С3 ).
Получается, что в подобной ситуации хотя бы к концу трехлетнего периода заявить НДС к вычету жизненно необходимо. Иначе налоговые потери неизбежны.
Источник: постановление Федерального арбитражного суда Центрального округа от 07.04.11 № А54-1904/2010С3