Практика показывает, что апелляционная жалоба в УФНС обязательный, но не последний этап отстаивания своей позиции в досудебном порядке. Отменить решение управления ФНС по субъекту, вынесенное по результатам обжалования нормативно-правового акта инспекции, может и сама ФНС. Это позволяет сделать статья 140 НК РФ.
ФНС России является вышестоящим органом по отношению к любому УФНС. И в ее обязанности входит рассмотрение обращений лиц и принятие по ним решений ( п. 5.16 постановления Правительства РФ от 30.09.04 № 506 «Об утверждении Положения о Федеральной налоговой службе» ). Следовательно, главное налоговое ведомство вправе осуществлять все действия, предусмотренные статьей 140 НК РФ, что дает компании возможность продолжить обжаловать решение налоговиков в досудебном порядке даже после отказа в этом УФНС.
При этом целесообразно подавать заявление в суд, не дожидаясь решения ФНС по жалобе, чтобы не упустить отведенный на это трехмесячный срок ( п. 4 ст. 198 АПК РФ ). Ведь срок рассмотрения жалобы в ФНС может затянуться, а за его нарушение никакие последствия не предусмотрены ( п. 3 ст. 140 НК РФ ).
Источник: статья 140 НК РФ, постановление Правительства РФ от 30.09.04 № 506