Согласно нормам налогового законодательства инспекция вправе производить доначисления (взыскание) НДФЛ по итогам налоговой проверки в случае неправомерного неудержания (неполного удержания) налога налоговым агентом за счет собственных средств налогового агента (п. 9 ст. 226 Налогового кодекса). При этом такие суммы НДФЛ не признаются доходами физлица (п. 5 ст. 208 НК РФ).
А значит, по мнению ФНС России, суммы НДФЛ, уплаченные налоговым агентом за налогоплательщика за счет собственных средств, при доначислении (взыскании) налоговым органом таких сумм по итогам налоговой проверки в случае их неправомерного неудержания (неполного удержания) не подлежат отражению в сведениях о доходах физических лиц истекшего налогового периода и суммах налога, исчисленных, удержанных и перечисленных в бюджет (форма № 2-НДФЛ).
Соответственно, такие суммы налога также не подлежат отражению в расчете сумм налога на доходы физических лиц, исчисленных и удержанных налоговым агентом (форма № 6-НДФЛ).
Обязанность по уплате налога считается исполненной налогоплательщиком со дня предъявления налоговым агентом в банк поручения на перечисление в бюджет на соответствующий счет Федерального казначейства денежных средств в счет уплаты налога по результатам налоговой проверки в случае неправомерного неудержания (неполного удержания) соответствующих сумм налога налоговым агентом со счета налогового агента в банке при наличии на нем достаточного денежного остатка на день платежа (подп. 9 п. 3 ст. 45 НК РФ).
При этом предусмотрено и исключение из правил, когда в случае доначисления (взыскания) налога налоговым органом по итогам налоговой проверки за счет собственных средств налогового агента, такие суммы НДФЛ не признаются доходами физического лица.
Таким образом, после уплаты налоговым агентом за налогоплательщика за счет собственных средств таких сумм НДФЛ основания для дальнейшего удержания налоговым агентом сумм НДФЛ с доходов работника, с которым трудовые отношения не прекращены, по мнению ФНС России, отсутствуют (письмо ФНС России от 10 января 2020 г. № БС-4-11/85@).