Согласно пункту 3.3 Порядка заполнения расчета 6-НДФЛ по строке 090 раздела 1 указывается нарастающим итогом с начала года общая сумма налога, возвращенная налогоплательщикам в соответствии со ст. 231 Налогового кодекса РФ (Письмо Федеральной налоговой службы от 2 октября 2019 г. № БС-4-11/20039). При перерасчете сумм дохода и НДФЛ в разделе 1 расчета отражаются итоговые суммы с учетом произведенного перерасчета, раздел 2 расчета не заполняется.
Например, если налоговый агент в январе 2020 года возвращает налогоплательщику излишне удержанную сумму налога из дохода, полученного в 2019 году, то данная сумма подлежит отражению по строке 090 раздела 1 расчета по форме 6-НДФЛ за первый квартал 2020 года.
Налоговый агент обязан представить в налоговый орган уточненный расчет по форме 6-НДФЛ за соответствующий период 2019 года (при этом в нем раздел 2 не корректируется), а также уточненные справки о доходах и суммах НДФЛ по форме 2-НДФЛ за 2019 год.