Компании, занимающиеся международными перевозками в смешанном сообщении с использованием нескольких видов транспорта, могут применить нулевую ставку НДС ко всему маршруту следования товара, в том числе и по России (подп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ ), а не только когда товар пересекает границу. Это относится к любым перевозкам, при которых пункт отправления или пункт назначения расположен за пределами России.
Ранее Минфин оспаривал этот вывод ( письмо от 01.02.11 № 03-07-08/31 ). Но в письме от 18.04.11 № 03-07-08/112 чиновники высказали иную позицию в отношении транспортно-экспедиционных услуг. Они отметили, что, если такие услуги оказываются российской организацией с использованием нескольких видов транспорта в рамках одного договора транспортной экспедиции, их полная стоимость облагается НДС по нулевой ставке. На это Минфин России указывает и в письмах от 28.02.12 № 03-07-08/49 , от 22.12.11 № 03-07-08/354 .
При этом под пунктами отправления и назначения товаров следует понимать пункты, которые указаны в договоре транспортной экспедиции в отношении соответствующих товаров (письма Минфина России от 14.02.11 № 03-07-08/41 , от 21.01.11 № 03-07-08/17 ). То есть, даже если перевозка осуществляется в несколько этапов, но в рамках одного договора, нулевая ставка применяется ко всей его цене.
Источник: подпункт 2.1 Пункта 1 статьи 164 НК РФ, Письмо Минфина России от 18.04.11 № 03-07-08/112